Les priorités du 6 PC englobent tous les domaines scientifiques importants parmi lesquels les sciences du vivant, la génomique et les biotechnologies, les technologies de la société de l'information, les nanotechnologies et les nouveaux matériaux, l'aéronautique et l'espace, la qualité et l'innocuité des produits alimentaires, le développement durable, les énergies et les transports non polluants, et la gouvernance dans une société fondée sur la connaissance.
FP6 priorities span all important scientific areas including life sciences, genomics and biotechnology, information society technology, nanotechnologies and new materials, aeronautics and space, food quality and safety, sustainable development, clean energy and transport and governance in a knowledge-based society.