En vertu de la directive, les États membres peuvent toutefois déroger à ces mesures de protection draconiennes "pour prévenir les dommages importants aux cultures, au bétail, aux forêts, aux pêcheries et aux eaux" ou "pour la protection de la flore et de la faune", s'il n'existe pas d'autre solution satisfaisante.
However, under the Wild Birds Directive Member States may derogate from these strict conservation measures ‘to prevent serious damage to crops, livestock, forests, fisheries and water’ or ‘ for the protection of flora and fauna’, where there is no other satisfactory solution.